Dwudniowe uroczystości dziękczynne zainaugurował w sobotę wieczorem metropolita krakowski kard. Stanisław Dziwisz. W homilii były osobisty sekretarz Jana Pawła II wspominał wydarzenia sprzed 20 lat. „Miałem to szczęście uczestniczyć w konsekracji tej świątyni i koronacji Matki Bożej Fatimskiej. Po 20 latach przybywam raz jeszcze z Janem Pawłem II - już błogosławionym” – mówił hierarcha, który przywiózł w prezencie dla wspólnoty parafialnej relikwie krwi.

Podczas uroczystości poświęcono obraz Jezusa Miłosiernego, który ma peregrynować po parafii. Sobotnia Msza zakończyła się nabożeństwem fatimskim i procesja z Najświętszym Sakramentem i relikwiami bł. Jana Pawła II.

Już w czasie pierwszej pielgrzymki Jana Pawła II do ojczyzny i jego wizyty w Wadowicach w dniu 7 czerwca 1979 r. postanowiono, że na resztkach gruntów dawnego uposażenia starej wadowickiej parafii Ofiarowania NMP stanie nowy kościół – wotum wdzięczności za powołanie pierwszego Polaka papieża. Po zamachu na Placu św. Piotra w dniu 13 maja 1981 r. intencję wotywną rozszerzono. Nowy kościół pod wezwaniem św. Piotra Apostoła miał być wotum wdzięczności za wybór i ocalenie Ojca Świętego.

24 czerwca 1984 roku kardynał Franciszek Macharski poświęcił plac i odprawił tam uroczystą Mszę św. Parafia pod wezwaniem św. Piotra Apostoła została erygowana 29 czerwca 1985 roku. W dniu swoich urodzin Jan Paweł II poświęcił kamień z Bazyliki św. Piotra, który przywieziono do Wadowic. Został on wmurowany jako kamień węgielny pod nowy kościół .

Uroczysta konsekracja świątyni odbyła się w dniu 14 sierpnia 1991 r., w czasie drugiej wizyty Jana Pawła II w Wadowicach. Na placu przed kościołem Ojciec Święty odprawił uroczystą koncelebrowaną Mszę św. Asystowali mu kardynałowie: Angelo Sodano, Franciszek Macharski i Henryk Gulbinowicz, kilkudziesięciu biskupów i ponad stu kapłanów. W trakcie Mszy św. Jan Paweł II - wraz z kardynałami: Franciszkiem Macharskim i Henrykiem Gulbinowiczem oraz ks. Michałem Pioskiem - poświęcił i namaścił ściany i ołtarz. Poświęcił również 20 kamieni węgielnych dla nowo budowanych kościołów w archidiecezji krakowskiej.