Jako „manuductor” [prowadzący za rękę] towarzyszył mu ksiądz Kazimierz Figlewicz, a do mszy służył Mieczysław Maliński, młodszy kolega z seminarium. W wawelskich prymicjach uczestniczyło niewiele osób, wśród których była Maria Wiadrowska, matka chrzestna przyszłego papieża. W niedzielę 3 listopada odbyły się prymicje w kościele parafialnym pod wezwaniem św. Stanisława Kostki na Dębnikach, kazanie wygłosił ks. Figlewicz, we mszy uczestniczyli głównie chłopcy z „Żywego Różańca”, a uroczysty obiad na cześć prymicjanta zorganizowała pani Irena Szkocka w swoim domu przy ulicy Szwedzkiej 12. Wśród gości był Jan Tyranowski, ks. Kuczkowski, czy Stanisław Truszkowski, nie zabrakło przemówień, gratulacji i serdeczności. Dla środowiska Teatru Rapsodycznego oraz podziemnej organizacji „Unia”, z którą był związany w czasie okupacji, nowo wyświęcony ksiądz odprawił mszę św. przy konfesji św. Stanisława na Wawelu 3 lub 4 listopada po południu. W Wadowicach uroczysta msza prymicyjna miała miejsce dopiero w niedzielę 10 listopada. Jak każe zwyczaj, prymicjant w wieńcu, został poprowadzony na swoją wadowicką mszę św. prymicyjną. Orszak wyruszył z domu gdzie mieszkał Zbigniew Siłkowski, kolega z klasy Karola Wojtyły, ożeniony z Anną Hommówną, córką aptekarza. Była to rodzina bardzo zaprzyjaźniona z Karolem Wojtyłą.

Warto nadmienić, że Karol Wojtyła został wyświęcony osobno i wcześniej niż pozostali alumni seminarium duchownego, ponieważ kardynał zdecydował się wysłać go niezwłocznie na studia teologiczne do Rzymu.

Nietypowe było także tajne seminarium duchowne, którego struktury zorganizował w okupowanym Krakowie Kardynał Sapieha, a do którego wstąpił Karol Wojtyła w 1942 r. Ze względu na wysokie niebezpieczeństwo, zwłaszcza po 6 sierpnia 1944 r., po największej łapance, w wyniku której aresztowano 15 tys. osób, Wojtyła wraz z innymi alumnami przeprowadził się na Franciszkańską 3, gdzie pozostał pod opieką Księcia Metropolity A.S. Sapiehy aż do wyzwolenia w styczniu 1945 r. Rektorem seminarium był ks. Piwowarczyk, a od pamiętnej, czarnej niedzieli sam Książę Sapieha, prefektem i kierownikiem studiów filozoficznych ks. Kazimierz Kłósak, ojcem duchownym Stanisław Smoleński i to właśnie u niego Wojtyła przygotowywał się do święceń kapłańskich sześciotygodniowymi rekolekcjami indywidualnymi. Święcenia kapłańskie poprzedzały inne święcenia: 9 listopada 1945 r. Wojtyła uzyskał tonsurę, 17 grudnia przyjął niższe święcenia ostiariatu i lektoratu, 21 grudnia niższe święcenia egzorcystatu i akolitatu, 13 października 1946 r. święcenia subdiakonatu i 20 października święcenia diakonatu.

Pamiątka w wizerunkiem Chrystusa Leonarda da Vinci z mszy prymicyjnych księdza Karola Wojtyły z mottem na odwrocie „Fecit mihi magna” [Wielkie rzeczy uczynił mi] (Łk 1, 49) i z jego autografem, zachowana w książce do nabożeństw Janiny Królikiewicz. Archiwum Tadeusza Królikiewicza.

Karol Wojtyła wśród seminarzystów musiał się wyróżniać, skoro jeszcze przed ukończeniem studiów, 1 listopada 1945 r. podjął pracę na Uniwersytecie Jagiellońskim jako kontraktowy młodszy asystent przy seminarium dogmatyki szczegółowej i historii dogmatów na Wydziale Teologicznym w wymiarze 15 godzin tygodniowo. I to właśnie jemu prof. Ignacy Różycki, dogmatyk, zaproponował pisanie pracy doktorskiej. Wojtyła wówczas interesował się pismami św. Jana od Krzyża i św. Teresy od Jezusa, co zawdzięczał przyjaźni z Janem Tyranowskim, stąd wybór tematu: Questio de fide apud S. Joannem a Cruce [Problem wiary u św. Jana od Krzyża]. Zainteresowanie mistykami zaprowadziło Wojtyłę już kilka lat wcześniej do klasztoru karmelitów bosych na Rakowicką. Latem 1942 r. brał udział m.in. w obchodach czterechsetnej rocznicy urodzin św. Jana od Krzyża, i to wtedy Karol Wojtyła miał po raz pierwszy wyrazić swą wolę wstąpienia do Zakonu. Jednak był to okres wojny, a władze okupacyjne nie zezwalały na przyjmowanie kandydatów do nowicjatu. Wojtyła odbył rozmowę z wychowawcą kleryków, wypożyczył z biblioteki dzieła św. Jana od Krzyża, zaprzyjaźnił się z ówczesnym prowincjałem Karmelitów Bosych, o wiele starszym od siebie ojcem Józefem Prusem. Tam również odprawił rekolekcje zamknięte korzystając z pomocy pochodzącego z Wadowic ojca Leonarda Kowalówki od Męki Pańskiej, który był przyjacielem, a przez pewien czas także kierownikiem duchowym Karola Wojtyły. W październiku 1942 r. Wojtyła podjął ostateczną decyzję o wstąpieniu do konspiracyjnego Krakowskiego Seminarium Duchownego, nie rezygnując z pracy w Solvayu ani w teatrze Kotlarczyka. Jednak i wówczas nie wykluczał Karmelu jako ewentualnej drogi swego życia, co chyba dobitnie tłumaczą słowa: „Powołanie moje zawsze miało charakter przede wszystkim «czynny». Był taki okres w młodości, w którym myślałem o ewentualnej zmianie tego kierunku, ale moje kontakty z Karmelem nie doprowadziły do tej zmiany. W ostateczności zadecydował o tym mój biskup”.² W autobiograficznej książce Dar i tajemnica Jan Paweł II wyjaśnił: „W pewnym okresie zastanawiałem się nawet, czy nie wstąpić do Karmelu. Wątpliwości rozstrzygnął Książę Kardynał Sapieha w sposób sobie właściwy, mówiąc krótko: «Trzeba najpierw dokończyć to co się zaczęło». I tak się stało”.³

Na jednym z pomaturalnych spotkań koleżeńskich Jan Paweł II, zapytał swoich druhów ze szkolnej ławy: „Czy spodziewaliście się, że wybiorę stan kapłański?”. Ci niemalże chóralnie odpowiedzieli, że nie. Bo przecież przy całej swojej wielkiej pobożności, marzył o karierze aktorskiej, był aktorem i reżyserem szkolnego Teatru Dramatycznego, zagłębiał się w dziełach wielkich filozofów, wybierał się na studia polonistyczne. Niektórzy jednak obserwując jego pobożność spodziewali się, że po zakończeniu gimnazjum wybierze drogę kapłańską, ale kiedy pytali młodego Karola Wojtyłę czy pójdzie na księdza, on odpowiadał: – „Non sum dignus”⁴[Nie jestem godzien].