Przygotowanie nowego podziału administracyjnego Kościoła w Polsce było jednym z podstawowych zadań powierzonych przez Ojca Świętego powołanemu w lipcu 1989 roku nuncjuszowi apostolskiemu w Polsce abp. Józefowi Kowalczykowi. – Czułem moc modlitwy Jana Pawła II, który mi mówił: „Ty będziesz tam pracował, ja będę się modlił i zobaczysz, że coś z tego wyjdzie” – wspominał w rozmowie z Biurem Prasowym Konferencji Episkopatu Polski abp Kowalczyk. Podkreślił, że Ojciec Święty bardzo się cieszył z wprowadzonych zmian.

Pracami nad reorganizacją diecezji w Polsce zajmowała się również Komisja Konferencji Episkopatu Polski utworzona 10 października 1990 r. podczas 243. zebrania plenarnego. Przewodniczył jej ówczesny metropolita krakowski kard. Franciszek Macharski. Zadaniem Komisji było zebranie i opracowanie opinii z poszczególnych diecezji.

Jak wskazuje rzecznik Konferencji Episkopatu Polski ks. Paweł Rytel-Andrianik, główną ideą reformy struktur Kościoła sprzed 25 lat było pragnienie biskupów, aby być bliżej wiernych. W 1989 roku Kościół katolicki w Polsce miał 22 diecezje/administratury apostolskie i 5 archidiecezji. Wiązało się to ze zróżnicowaniem i niejednorodnością: największe diecezje – warmińska i wrocławska – miały ponad 20 tys. km kw., a najmniejsza –  gdańska niecałe 2 tys. km kw.

Jan Paweł II bullą „Totus Tuus Poloniae populus” utworzył 13 nowych diecezji, a 8 z dotychczasowych podniósł do rangi archidiecezji. W wyniku reformy z 1992 r. powstały: diecezja bielsko-żywiecka, elbląska, ełcka, gliwicka, kaliska, legnicka, łowicka, radomska, rzeszowska, sosnowiecka, toruńska, warszawsko-praska i zamojsko-lubaczowska. Poza tym zniesiono unię personalną łączącą archidiecezję warszawską z archidiecezją gnieźnieńską związaną z tytułem prymasa Polski. Kard. Józef Glemp zachował jednak tytuł prymasa do 80. roku życia, pozostając kustoszem relikwii św. Wojciecha.

W związku z ogłoszeniem bulli, Jan Paweł II mianował 7 nowych biskupów, 10 innych podniósł do godności arcybiskupów, 11 biskupów pomocniczych mianował ordynariuszami, a 14 kolejnych biskupów pomocniczych przeniósł z ich dotychczasowych diecezji do innych.

Oprócz reformy z 1992 r. zostały dokonane inne zmiany w strukturze organizacyjnej Kościoła katolickiego w Polsce. W styczniu 1991 roku został reaktywowany Ordynariat Polowy Wojska Polskiego, który obejmuje cały kraj. W tym samym roku Jan Paweł II podczas pielgrzymki do Polski w Białymstoku powołał do istnienia diecezję białostocką – z części archidiecezji wileńskiej, która pozostawała w granicach Polski oraz diecezję drohiczyńską – z części diecezji pińskiej, pozostającej w granicach RP. W 1996 r. zostały powołane dwie diecezje greckokatolickie: archidiecezja (archieparchia) przemysko-warszawska oraz diecezja (eparchia) wrocławsko-gdańska. W 2004 r. powstały natomiast kolejne dwie diecezje – bydgoska i świdnicka.

W rezultacie zmian strukturę administracyjną Kościoła katolickiego w Polsce tworzą obecnie 44 diecezje, w tym 41 obrządku łacińskiego, Ordynariat Polowy Wojska Polskiego oraz dwie diecezje obrządku bizantyńsko-ukraińskiego: wrocławsko-gdańska i przemysko-warszawska.

– Biskupi są blisko wiernych, są zapraszani, są obecni. Zatem ten postulat bliskości, o który prosił Ojciec Święty i księża biskupi, na pewno zrealizowaliśmy – podsumował w rozmowie z Biurem Prasowym KEP abp Józef Kowalczyk.