W uroczystościach, pomimo deszczowej pogody, uczestniczyli wierni nie tylko z Polski, ale także z całego świata m.in. Słowacji, Austrii, Francji, Niemiec, Chorwacji i Wielkiej Brytanii.
Obchody w Sanktuarium Miłosierdzia Bożego w Łagiewnikach rozpoczęły się już 30 kwietnia wieczorem modlitewnym czuwaniem. Podczas spotkania specjalny telemost połączył antyczny stadion Circo Massimo w Rzymie, Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Krakowie - Łagiewnikach, Guadalupe w Meksyku, Kawekamo – Bugando w Tanzanii, Harissa w Libanie i Fatima w Portugalii. Licznie obecni w świątyni pielgrzymi podczas spotkania wysłuchali świadectw bliskich współpracowników Jana Pawła II, kard. Stanisława Dziwisza, byłego watykańskiego rzecznika Joaquína Navarro-Vallsa, oraz uzdrowionej za wstawiennictwem Jana Pawła II s. Marie Simon-Pierre. W drugiej części czuwania wierni odmówili różańcowe tajemnice światła, które ustanowił Jan Paweł II w połączeniu specjalnym telemostem z pięciu sanktuariami. Ok. godz. 21.20 telemost połączył z krakowskimi Łagiewnikami.

O północy w Sanktuarium Miłosierdzia Bożego rozpoczęła się uroczysta Msza św., której przewodniczył kustosz sanktuarium bp Jan Zając. W homilii biskup podkreślił, że w Łagiewnikach, podczas uroczystości beatyfikacyjnych pragniemy przypatrzeć się jaka była droga do świętości Jana Pawła II. „Droga do wieczernika w niebie dla Jana Pawła II prowadziła również przez wieczernik łagiewnicki” – mówił bp Zając. I zaznaczył, że młody Karol Wojtyła jako młody student wydeptywał ścieżkę z domu na Dębnikach do pracy w Borku Fałęckim. A w tutejszej kaplicy klasztornej i przy grobie św. Faustyny szukał nadziei na trudne czasy. „Ufał Bogu, że zawsze potrafi on wyprowadzić dobro ze zła. Orędzie Bożego Miłosierdzia, które było oparciem i źródłem nadziei z tego wieczernika biskup krakowski zabrał ze sobą na Stolicę Piotrową, ono kształtowało obraz jego pontyfikatu” – zaznaczył kustosz sanktuarium.

Jego zdaniem to tutaj Jan Paweł II rozniecił iskrę Bożej łaski, tu rozpalił ogień Bożego miłosierdzia, który płonie w wieczystej adoracji, który przezwycięża wszelkie zło, budzi nadzieję, że tylko w miłosierdziu Boga człowiek znajdzie pokój.
„W wieczerniku świata otrzymamy potwierdzenie, że Jan Paweł II idący drogą ewangelii, miłujący Jezusa swego mistrza, oddany całkowicie Maryi, swej matce, służący każdemu człowiekowi, osiągnął wieczne zjednoczenie z Ojcem i wszedł do chwały nieba, jest błogosławiony” – mówił bp Zając. Do godz. 6 rano w świątyni trwało czuwanie modlitewne.

W niedzielę 1 maja od wczesnych godzin porannych pielgrzymi gromadzili się na błoniach przed sanktuarium, aby na telebimach śledzić uroczystości z Watykanu, a później uczestniczyć w nabożeństwie dziękczynnym. W uroczystościach udział wzięło ok. 120 tys. pielgrzymów z całej Polski oraz z całego świata m.in. Słowacji, Austrii, Francji, Niemiec, Chorwacji i Wielkiej Brytanii.

O godz. 10 rozpoczęła się transmisja watykańskich uroczystości beatyfikacyjnych z homilią papieża Benedykta XVI. Wierni śledzili ją także na telebimach w Rynku Głównym oraz przy Centrum Jana Pawłą II „Nie lękajcie się!” w Krakowie. Gdy papież Benedykt XVI ogłosił Jana Pawła II błogosławionym, w Łagiewnikach rozległy się ogromne brawa, a pielgrzymi machali radośnie chorągiewkami.

Po homilii rozpoczęła się główna Msza dziękczynna pod przewodnictwem kustosza sanktuarium bp. Jana Zająca. Podczas nabożeństwa na ołtarz polowy zostały wniesione relikwie bł. Jana Pawła II.
Relikwie zostały umieszczone w relikwiarzu w kształcie monstrancji, przekazanym bp Zającowi przez metropolitę krakowskiego kardynała Stanisława Dziwisza.

„Eucharystia jest podziękowaniem za dar Miłosierdzia Bożego, za dar błogosławionego Jana Pawła II. Stajemy pod krzyżem Chrystusa Pana i rozpoczynamy sprawowanie najświętszej ofiary eucharystycznej, dziękując Panu Bogu za wszelkie dary, których uczestnikami jesteśmy" - mówił bp Zając rozpoczynając liturgię.
Dla wiernych z całego świata, którzy modlą się w Niedzielę Miłosierdzia Bożego w Łagiewnikach, była to pierwsza okazja publicznego uczczenia relikwii Błogosławionego Jana Pawła II. „Niech błogosławieństwo relikwiami Błogosławionego Jana Pawła II towarzyszy nam w naszej pracy, w rodzinach, wspólnotach i życiu codziennym” – mówił bp Zając, który na zakończenie uroczystości pobłogosławił czcicieli Bożego Miłosierdzia relikwiami Jana Pawła II.

Po błogosławieństwie relikwiami wierni w Łagiewnikach dzięki łączności telewizyjnej uczestniczyli w modlitwie Regina Coeli, której na Placu św. Piotra przewodniczył papież Benedykt XVI. O godzinie 15 w Łagiewnikach odmówiona została Koronka do Miłosierdzia Bożego.

Krakowskie uroczystości związane z beatyfikacją Jana Pawła II zakończą się koncertem w hołdzie papieżowi, który rozpocznie się o godz. 20 na Rynku Głównym. Koncert „Wracam do Was. Błogosławiony Jan Paweł II” to plenerowe widowisko słowno–muzyczne z udziałem orkiestry symfonicznej, połączonych chórów i wokalistów. Wystąpią m.in. Zakopower, Kayah, Zbigniew Wodecki, Bracia, Beata Rybotycka, Ryszard Rynkowski, IRA, Kasia Kowalska oraz aktorzy Daniel Olbrychski i Lesław Żurek. Dynamiczna muzyka i śpiew zostanie połączona z materiałami wyemitowanymi na telebimach z pielgrzymek Jana Pawła II do Małopolski oraz niepublikowanymi nigdzie i niewykorzystanymi, filmowymi materiałami archiwalnymi.

Widowisko rozpocznie hejnał z Wieży Mariackiej, a następnie wypowiedź Jana Pawła II, skierowana do Krakowian w trakcie przemówienia powitalnego na Błoniach w 1979 roku, z której zaczerpnięty został tytuł koncertu. Wyemitowany zostanie także pięciominutowy materiał z uroczystości beatyfikacyjnych z Rzymu, a także wypowiedzi najsłynniejszych osobistości życia publicznego.
Wcześniej o godz. 19 krakowianie oraz przybyli goście będą mogli obejrzeć na telebimie film Krzysztofa Glondysa „Mój Kraków, miasto mojego życia”, w którym reżyser zebrał m.in. wypowiedzi Jana Pawła II pochodzące z jego pielgrzymek do kraju.

Uroczystościom w Krakowie towarzyszy wiele wystaw poświęconych Janowi Pawłowi II, jedną z nich można podziwiać na Rynku, drugą w okolicach Plant.

Od 1 do 3 maja wokół Krakowa kursuje specjalny pociąg papieski. Podczas podróży przypominane są najważniejsze wypowiedzi Jana Pawła II oraz wyświetlany film dokumentalny "Przyjaciel Boga". Pociąg z okazji beatyfikacji Jana Pawła II uruchomił Małopolski Zakład Przewozów Regionalnych. 1 maja odjazd ze stacji Kraków Główny zaplanowano o godz. 13.55 i 16.10, a 2 i 3 maja o godz. 10, 12.45 oraz 15. Czas przejazdu to ok. 1,5 godz.

W Pociągu papieskim obowiązują bilety strefowe czasowe w aglomeracji krakowskiej ważne na drugą strefę. Koszt biletu to 5,50zł, są również bilety z ustawową zniżką dla dzieci, młodzieży szkolnej, studentów. Bilety można kupić w kasie biletowej nr 5 na stacji Kraków Główny (Biuro Obsługi Podróżnego). Każdy uczestnik przejazdu oprócz biletu na przejazd otrzyma specjalny bilet okolicznościowy.