Początki sanktuarium sięgają 1510 r. Księga Cudów prowadzona od 1511 r. opisuje objawienie św. Anny Małgorzacie żonie Błażeja. Święta poleciła wybudowanie na wzgórzu w Prostyni kościoła poświęconego Trójcy Przenajświętszej. Na znak prawdziwości objawienia pozostały cztery wieńce: trzy na cześć Trójcy Świętej, a czwarty na pamiątkę św. Anny. Zostały one złożone w srebrnej koronie, którą do dziś koronuje się wiernych.

O szczególnym charakterze sanktuarium świadczy kilka faktów. W pierwszych trzydziestu latach jego istnienia zanotowano w Księdze Cudów ponad 100 uzdrowień i łask. W 1513 r. Stolica Apostolska udzieliła specjalnych odpustów pielgrzymom przybywającym do Prostyni, wśród których znalazła się także królowa Polski Bona Sforza. Od początku XVI wieku w sanktuarium znajduje się statua Trójcy Przenajświętszej pochodząca prawdopodobnie ze szkoły Wita Stwosza. Od wieków sanktuarium jest miejscem, w którym wiele osób otrzymuje szczególne łaski o czym świadczą liczne wota. Kard. Stefan Wyszyński, którego tata był w Prostyni organistą i tu zawarł związek małżeński, wyznał, że jego duchowość trynitarna ma związek z tym sanktuarium. Św. Jan Paweł II zaś przekazał do Prostyni kielich, którego używał podczas Mszy Świętej jubileuszowej świętując 50-lecie kapłaństwa.

Te i inne znaki świadczą o tym, że na mapie duchowości ludzi ważne są sanktuaria jako miejsca spotkania człowieka z Bogiem. Wiele osób ma swoje ulubione miejsca święte. Do pielgrzymowania do nich zachęca przykład św. Jana Pawła II, który jest znany jako Papież pielgrzym.