Kardynał Dziwisz homilię rozpoczął od nawiązania do dzisiejszej Ewangelii, w której przedstawiona została scena umycia nóg Apostołom przez Pana Jezusa. Kardynał zaznaczył, że opór św. Piotra był naturalnym odruchem, ponieważ to, co czynił Jezus nie mieściło się w kanonie relacji Mistrz - uczeń.

- Apostoł nie pojmował tego gestu i dopiero Jezus pomógł mu zrozumieć, że trzeba się otworzyć na przyjęcie niepojętego daru miłości Bożej, która zbawia człowieka. Umycie nóg było tylko znakiem tej niepojętej rzeczywistości.

Nawiązując do drugiego czytania, w którym św. Paweł mówi o ustanowieniu Eucharystii, kard. Dziwisz przypomniał, że Msza św. była w centrum życia św. Jana Pawła II i nigdy w swoim kapłańskim życiu jej nie opuścił. Zacytował także m.in. taki fragment ostatniej encykliki papieża Polaka, dotyczącej Eucharystii: „różnorodna sceneria moich Mszy św. sprawia, iż doświadczam bardzo mocno uniwersalnego - można wręcz powiedzieć kosmicznego charakteru celebracji eucharystycznej. Tak, kosmicznego! Nawet wtedy bowiem, gdy Eucharystia jest celebrowana na małym ołtarzu wiejskiego kościoła, jest ona wciąż poniekąd sprawowana na ołtarzu świata. Jednoczy niebo z ziemią."

Kardynał wyraził radość z faktu, iż Msze św. sprawowane w Centrum Jana Pawła II gromadzą tak wielu wiernych. W tym szczególnym dniu dziękował także za posługę i modlił się za kapłanów archidiecezji krakowskiej, a zwłaszcza za pracujących w Centrum JPII.

- Nam zaś, kapłanom, Wielki Czwartek przypomina, jak wielkim zaufaniem obdarzył nas Chrystus. W Jego imieniu wypowiadamy słowa konsekracji nad chlebem i winem. W Jego imieniu wypowiadamy w konfesjonale słowa przebaczenia i odpuszczenia grzechów. W Jego imieniu głosimy Dobrą Nowinę, będącą największą nadzieją świata - mówił.

Na zakończenie kardynał Dziwisz wezwał wiernych do głębokiego przeżywania tegorocznego Triduum Paschalnego, które właśnie się rozpoczyna. - Starajmy się towarzyszyć naszemu cierpiącemu, umierającemu i zmartwychwstającemu Panu na Jego paschalnej drodze, ale nie jako obojętni obserwatorzy. Bądźmy z Nim całym sercem. Starajmy się odpowiedzieć na Jego miłość naszą miłością.