Przyszły Błogosławiony od dzieciństwa był fizycznie niepełnosprawny, utracił władzę w nodze i całe życie przy chodzeniu podpierał się kulą. Ta okoliczność, jak również bardzo niski wzrost, wpłynęły na jego psychikę. Choć nie izolował się od otoczenia, poszukiwał raczej samotności. W domu rodzinnym praca, nauka i modlitwa (szczególnie wyrażająca się w nabożeństwie do Jezusa Ukrzyżowanego) ukształtowały jego osobowość. W wieku dojrzałym poprosił o przyjęcie do Zakonu Kanoników Regularnych, którego klasztor znajdował się także niedaleko rodzinnych Giedrojci.

Nie jest znana dokładna data jego wstąpienia do klasztoru. Musiało to nastąpić przed rokiem 1461, kiedy to był już w Krakowie i rozpoczął studia na Uniwersytecie. W 1465 roku zdobył stopień naukowy bakałarza sztuk wyzwolonych, czyli filozofii. W Krakowie złożył śluby zakonne. Mimo zdobytego wykształcenia Michał pozostał bratem zakonnym i nigdy nie przyjął święceń kapłańskich. Prosił kapitułę Zakonu o pozostanie w Krakowie i wypełnianie funkcji zakrystiana w kościele św. Marka. Opiekował się świątynią, sprzątał ją, dbał o piękno ołtarzy, otaczał troską Najświętszy Sakrament, służył do Mszy jako ministrant. Mieszkał w bardzo małym pomieszczeniu obok wejścia do kościoła.

Prowadził życie głębokiej modlitwy, pokuty i miłości bliźniego. Szczególną czcią otaczał Jezusa Ukrzyżowanego, który według tradycji zakonnej przemówił do Michała z Krzyża. Do tej pory krzyż ten znajduje się w kościele św. Marka w Krakowie. Słowa Chrystusa brzmiały: „Bądź cierpliwy aż do śmierci, a dam ci koronę życia”. Michał modlił się także często do Maryi w wizerunku z kościoła św. Marka, zwanym dziś popularnie Matką Bożą Giedroyciową. Dzięki swojej posłudze miał kontakt z ludźmi, którym służył duchową radą i wypraszał niejednokrotnie cudowne łaski uzdrowienia.

Przyjaźnił się ze Świętosławem Milczącym, św. Janem z Kęt, św. Szymonem z Lipnicy, św. Stanisławem Kazimierczykiem oraz Izajaszem Bonerem. Dzięki tej grupie świętych przyjaciół wiek XV jest nazywany „szczęśliwym wiekiem Krakowa” (felix seculum Cracoviae).

Michał zmarł w klasztorze krakowskim 4 maja 1485 roku Jego grób i relikwie znajdują się w kościele św. Marka w Krakowie. Zakon marków przestał ostatecznie istnieć w XIX w. Jednakże kult bł. Michała Giedroycia nie wygasł. Do jego odnowienia przyczynił się wieloletni rektor kościoła św. Marka ks. prof. Wacław Świerzawski, późniejszy biskup sandomierski (zmarły 7 października 2017 roku). Założone przez niego w roku 1990 Zgromadzenie Sióstr Jadwiżanek Wawelskich (Zgromadzenie Sióstr św. Jadwigi Królowej Służebnic Chrystusa Obecnego), mające przy kościele św. Marka i przy grobie bł. Michała swój dom macierzysty, przejęło od Zakonu Kanoników Regularnych charakterystyczny biały habit ze znakiem czerwonego serca z krzyżem. Bł. Michał Giedroyć, służący pokornie tajemnicy Eucharystii jest, obok św. Jadwigi Królowej, szczególnym patronem Sióstr. Ich charyzmatem jest wprowadzanie poszukujących w tajemnicę Chrystusa obecnego w liturgii. Czynią to w kilku ośrodkach katechumenalnych w Polsce, przygotowując dorosłych do przyjęcia sakramentów wtajemniczenia chrześcijańskiego.