Główna ekspozycja została umieszczona w kaponierze (ceglana budowla w prawym górnym rogu), ale muzeum zajmuje w sumie teren ponad 3 ha południowo-wschodniego narożnika Cytadeli. Wielu elementom przestrzeni nadano znaczenie symboliczne: ułożone przy wejściu płyty przypominają tory kolejowe, zieleń kojarzy się z lasem katyńskim, ołowiany rdzeń prostego drewnianego krzyża stojącego na placu apelowym symbolizować ma metal pocisków, którymi Sowieci mordowali jeńców strzałem w tył głowy.