W 1991 r. bolesne konflikty na Bliskim Wschodzie jeszcze się nasiliły w związku z kryzysem w Zatoce Perskiej, zapoczątkowanym już w sierpniu 1990 r. zbrojnym najazdem Iraku na Kuwejt. O złożonej bliskowschodniej sytuacji Papież mówił 12 stycznia 1991 r., dokonując przeglądu zagadnień międzynarodowych w tradycyjnym dorocznym przemówieniu do korpusu dyplomatycznego. Nie zapomniał przy tym o problemach Ziemi Świętej.

„W istocie stajemy tu wobec sytuacji wymagających podjęcia szybkich decyzji politycznych oraz stworzenia klimatu autentycznego zaufania wzajemnego – mówił Jan Paweł II. – Od dziesięcioleci naród palestyński cierpi dotkliwie i doznaje niesprawiedliwości. Świadectwem tego są setki tysięcy uchodźców rozsianych po Bliskim Wschodzie i w innych częściach świata, a także sytuacja mieszkańców Zachodniego Brzegu Jordanu i strefy Gazy. Naród ten słusznie domaga się, by świat go wysłuchał, choć trzeba przyznać, że pewne grupy palestyńskie, chcąc być wysłuchane, obrały metody nie do przyjęcia, zasługujące na potępienie. Z drugiej jednak strony nie można zaprzeczyć, że nazbyt często w przeszłości odrzucano pochodzące z różnych źródeł propozycje, które mogłyby przynajmniej zapoczątkować dialog dla zagwarantowania zarówno państwu Izraela właściwych warunków bezpieczeństwa, jak narodowi palestyńskiemu poszanowania jego bezspornych praw. W Ziemi Świętej leży też Jerozolima, która nadal jest przyczyną konfliktów i niezgody między wyznawcami różnych religii. Jerozolima – «Święta», «Miasto Pokoju»”.

Wojny w Zatoce Perskiej nie udało się powstrzymać. Jan Paweł II ponawiał wezwanie do modlitwy o pokój. Przemawiając na Anioł Pański 27 stycznia 1991 r. rozciągnął je na wszystkich czcicieli Boga Jedynego.

„Módlmy się też za wszystkich wierzących, módlmy się wraz z nimi, wyznawcami trzech wielkich religii, których historyczne korzenie wyrastają z Bliskiego Wschodu – z Żydami, chrześcijanami i muzułmanami – wzywał Ojciec Święty. – Wiara w tego samego Boga nie może być przyczyną konfliktu czy rywalizacji, ale winna prowadzić do rozwiązywania na drodze dialogu i pertraktacji pojawiających się sporów. Niech nieskończona miłość Stwórcy pomoże wszystkim zrozumieć absurdalność wojny w Jego imię i niech napełni wszystkie serca szczerymi uczuciami zaufania, zrozumienia i współpracy dla dobra całej ludzkości”.

Po modlitwie maryjnej Papież nawiązał do napisu z hebrajskim wyrazem szalom, który zauważył na Placu św. Piotra:

„Widać napis, który znaczy «pokój». Szalom znaczy «pokój». Życzę zatem tego pokoju waszemu narodowi i państwu Izraela”.

Po zakończeniu tragicznej wojny w Zatoce Perskiej Jan Paweł II zaprosił do Rzymu patriarchów katolickich Kościołów Bliskiego Wschodu i przewodniczących episkopatów krajów, które uczestniczyły w działaniach wojennych. Na zakończenie spotkania 6 marca 1991 r. wzięli oni udział w podsumowującej je środowej audiencji ogólnej.

„Mówiliśmy o Ziemi Świętej, gdzie dwa narody, palestyński i ten z państwa Izraela, od kilkudziesięciu lat żyją we wzajemnym antagonizmie, który wzmaga napięcia i lęki, a jak dotąd okazał się nie do załagodzenia – powiedział Jan Paweł II. – Niesprawiedliwość, której ofiarą jest naród palestyński, wymaga zaangażowania wszystkich, a zwłaszcza rządzących państwami i społeczności międzynarodowej. Tylko gdy usilnie zabiegać się będzie, by uczynić natychmiast pierwsze kroki do rozwiązania problemu, naród ten doczeka się uznania swej godności i on również będzie mógł być gwarantem bezpieczeństwa dla wszystkich”.

Papież pielgrzym po drogach świata wyraził wtedy, zresztą już nie po raz pierwszy w swoim pontyfikacie, pragnienie odwiedzenia Ziemi Świętej. Nawiązał przy tym do innej pielgrzymki, którą kilka lat wcześniej odbył razem z wyznawcami różnych religii, także żydowskiej, do miasta św. Franciszka, by modlić się tam o pokój.

„Gdy mowa o Ziemi, w które narodził się Chrystus, myśl nasza zwraca się ku miastu, w którym głosił On słowo, umarł i zmartwychwstał – ku Jerozolimie z jej świętymi miejscami, drogimi także Żydom i muzułmanom, i z jej wspólnotami – mówił Ojciec Święty. – Powołana, aby być miejscem, gdzie krzyżują się drogi pokoju, nie może ona dłużej powodować niezgody i sporów. Ufam, że nadejdzie dzień, gdy okoliczności pozwolą mi udać się w pielgrzymce do tego jedynego na świecie miasta i raz jeszcze wypowiedzieć tam, wraz z wierzącymi Żydami, chrześcijanami i muzułmanami, orędzie i błaganie o pokój, skierowane już do całej rodziny ludzkiej 27 października 1986 r. w Asyżu”.

Znaczenie kończącego się rzymskiego spotkania Jan Paweł II wyjaśnił też obecnym na audiencji rodakom:

„Uczestniczycie dzisiaj, drodzy bracia i siostry, w szczególnej audiencji. Jest ona zamknięciem dwudniowych obrad, które tutaj w Rzymie odbywaliśmy wspólnie: patriarchowie katolickich Kościołów Wschodnich z rejonu Bliskiego Wschodu, który ostatnio był terenem wojny w Zatoce Perskiej, a także kardynałowie oraz biskupi reprezentujący Konferencje Episkopatów z Europy i Ameryki, zwłaszcza ze Stanów Zjednoczonych, które w tej wojnie miały swój udział. Przedmiotem naszej wspólnej troski była sprawa pokoju między ludami, a także sprawa jedności i dialogu między trzema wielkimi religiami monoteistycznymi, z których każda odwołuje się do dziedzictwa Abrahama. Wyznają więc jednego i tego samego Boga, który – poczynając od Abrahama – dał się poznać światu, ludzkości, narodom. Te sprawy naszych wspólnych obrad uwieńczymy teraz wspólną modlitwą. Niech ta modlitwa będzie także udziałem was tu obecnych i wszystkich rodaków w Ojczyźnie i na emigracji, ponieważ jest to sprawa doniosła dla przyszłości świata, narodów i całej ludzkości”.