Na początku liturgii koncelebrowanej przez kard. Stanisława Dziwisza i bp. Jana Zająca, arcybiskup zaznaczył, że celem pielgrzymowania jest nie tylko dziękczynienie za wspaniały pontyfikat Jana Pawła II, ale również modlitwa za papieża Franciszka, Kościół powszechny, poświęcony młodzieży synod biskupów, 100-lecie odzyskania przez Polskę niepodległości, a także za Kościół w Polsce i w Krakowie.

W homilii nawiązał do trzykrotnego pytania o miłość, jakie Jezus zadał św. Piotrowi. Pierwszy papież musiał na nie odpowiedzieć twierdząco, ponieważ tylko ten, kto kocha Chrystusa może być pasterzem Jego owiec. Ostatecznie Piotr oddał życie za swojego Mistrza. Zginął, powieszony głową w dół, na krzyżu.
– Widać tutaj szczególną więź między miłością do owiec, pasterzowaniem i przewodzeniem im, a ostatecznym świadectwem krwi – świadectwem, że kocha Chrystusa i Jego Kościół.

Arcybiskup przypomniał, że w Bazylice św. Piotra, pod baldachimem, który zaprojektował Bernini, znajduje się grób apostoła, a w absydzie stoi krzesło, na którym, według tradycji, siedział św. Piotr, kiedy nauczał w Rzymie.
– Ten tron mówi o nauczaniu, o pasterzowaniu i urzeczywistnieniu tego, co mu Chrystus powiedział nad Jeziorem Genezaret: „Paś owce moje”. To stąd, z Rzymu, wyszło nauczanie Piotrowe.

Zacytował fragment listu św. Cypriana – biskupa Kartaginy, który w III wieku pisał o urzędzie Piotrowym w następujący sposób: „Piotrowi daje się pierwszeństwo, ażeby ukazywał, czym jest Kościół Chrystusa, oraz Katedrę, czyli władzę nauczania i kierowania. I w celu podkreślenia znaczenia jedności dodał:  Bóg jest jeden, jeden jest Pan, jeden Kościół i jedna Katedra założona przez Jezusa”.

Metropolita krakowski zauważył, że o roli św. Piotra pisał także w swoim poemacie „Kościół” biskup Karol Wojtyła: „To Ty, Piotrze. Chcesz być tutaj /Posadzką, by po Tobie przechodzili…/by szli tam, gdzie prowadzisz ich stopy…/Chcesz być tym, który służy stopom – jak skała raciczkom owiec: /Skała jest posadzką gigantycznej świątyni…”.
– 16 lat później sam stał się skałą i posadzką, która daje owieczkom możliwość, by na nim się opierając, miały poczucie siły, bezpieczeństwa i tego, że nie błądzą.

Arcybiskup wspomniał pierwszą Mszę św., którą papież odprawił 22 października 1978 roku. Jan Paweł II rozpoczął homilię od powtórzenia Piotrowego wyznania: „Tyś jest Chrystus, Syn Boga żywego”. W jej dalszej części mówił o tym, kim jest on sam i czym dla niego jest Polska: „Na rzymską Stolicę Piotra wstępuje dzisiaj biskup, który nie jest Rzymianinem. Biskup, który jest synem Polski. Ale z tą chwilą i on staje się Rzymianinem. Tak, Rzymianinem! Także dlatego, że jest synem narodu, którego historia od zarania dziejów i którego tysiącletnia tradycja naznaczone są żywą, mocną, nigdy nieprzerwaną, przeżytą i głęboką więzią ze Stolicą Piotrową. Narodu, który tej Stolicy pozostał zawsze wierny. O, niezbadane są wyroki Boskiej Opatrzności!”. Zwrócił się wtedy również do Polaków: „A cóż powiedzieć do was, którzy tu przybyliście z mojego Krakowa, od stolicy św. Stanisława, którego byłem niegodnym następcą przez lat 14. Cóż powiedzieć?! Wszystko, co mógłbym powiedzieć, będzie blade w stosunku do tego, co czuje w tej chwili moje serce, a także do tego, co czują wasze serca. Więc oszczędźmy słów. Niech pozostanie tylko wielkie milczenie przed Bogiem, które jest samą modlitwą.”

Papież prosił Polaków, aby byli blisko niego i obejmowali go swoją modlitwą. W tej samej homilii padły słynne słowa o tym, aby nie bać się i otworzyć drzwi Chrystusowi. Metropolita krakowski wyjaśnił, że apel papieża trzeba czytać przez pryzmat żelaznej kurtyny. W świetle tego stwierdzenia, Jan Paweł II wzywał do zburzenia muru w imię Chrystusa i dla dobra ludzkości.
– Szedł przez świat i burzył tę kurtynę, ale także wszystkie inne – bardziej lub mniej widoczne, które tworzyły historię minionych dziesięcioleci. Szedł do wszystkich z tym samym przesłaniem: Otwórzcie drzwi Chrystusowi!

Arcybiskup podkreślił, że Jan Paweł II, na wzór św. Piotra, dawał przejmujące świadectwo miłości do swoich owiec i do Kościoła. Nawiązał do zamachu na życie papieża i do ostatnich tygodni przed jego śmiercią.
– W Wielki Piątek 2005 roku, kiedy nie mógł już wziąć osobiście udziału w Drodze Krzyżowej po Koloseum, w swojej kaplicy wziął krzyż i się do niego przytulał.

Zauważył, że gest przytulenia krzyża był swoistym dopełnieniem historycznego momentu, w którym Jan Paweł II na zakończenie Mszy św., inaugurującej jego pontyfikat, podnosił do góry pastorał w kształcie krzyża. Metropolita przypomniał również o czci, jaką papież żywił do Maryi. Objawiało się to podczas trwania całego pontyfikatu i w jego apostolskim zawołaniu: „Totus tuus”.

Kończąc homilię podkreślił, że naszym zadaniem jest przekazywanie nauki i dziedzictwa Świętego Papieża następnym pokoleniom.

Kanclerz Kurii, ks. Tomasz Szopa, podziękował arcybiskupowi za to, że pielęgnuje on pamięć o Janie Pawle II i dzięki temu ułatwia wiernym archidiecezji krakowskiej kształtowanie swojej katolickiej i polskiej tożsamości. Przekazał mu również prezent – kopertę z ostatnich, nieużytych już po wyborze na stolicę Piotrową papeterii kardynała Karola Wojtyły.

Arcybiskup Marek Jędraszewski ze szczególnymi słowami wdzięczności zwrócił się do kardynała Stanisława Dziwisza nie tylko za udział w krakowskim dziękczynieniu za pontyfikat Ojca Świętego, lecz przede wszystkim ze wieloletnią służbę Janowi Pawłowi II w Krakowie i Watykanie.

Pielgrzymka dziękczynna za pontyfikat Jana Pawła II zakończyła wspólna modlitwa przy grobie świętego Papieża Polaka.