To bardzo prosty w formie biały budynek, pomysłowo wpisujący się w trudną do zagospodarowania działkę i specyficzny pejzaż starych krakowskich oficyn. „Będzie ów dom, miejmy nadzieję, żywym miejscem spotkania z człowiekiem zupełnie nadzwyczajnym, który większość swego długiego życia poświęcił świadczeniu o zbrodni katyńskiej, co stawia go w gronie herosów naszej dwudziestowiecznej historii, ale takoż mocno zapisał się jako płodny pisarz, rzecz jasna malarz, etyk, filozof, nieustępliwy diarysta, przy tym człowiek niezwykle mądry, pogodny, do późnej starości otwarty, dowcipny i dobry” – pisze Stanisław Mancewicz. – Pawilon Czapskiego ma być w zamyśle jego pomysłodawców miejscem wspólnym dla tych wszystkich – jakbyśmy dziś modnie rzekli – narracji. Miejscem nowoczesnym – dodajmy – nie będącym w zamyśle „izbą pamięci”, ale domem nieustannej projekcji, opowiadania, służącym też pracy i studiom nad fenomenem Józefa Czapskiego” – dodaje Mancewicz.

Stała ekspozycja, której scenariusz stworzyła Krystyna Zachwatowicz, wraz z mężem – Andrzejem Wajdą – przez lata się z Czapskim przyjaźniąca, zajmie drugie piętro. To tu przejdziemy przez rodzaj osi czasu, weźmiemy udział w podróży przez życie Józefa Czapskiego, ale i pójdziemy szlakiem koszmarów XX wieku. Tu zobaczymy nieco owych niezwykłych dzienników (wszystkie tomy są w posiadaniu Muzeum Narodowego w Krakowie). Tu zobaczymy nieznane szerzej zdjęcia i dokumenty, też te z czasów okupacji i niewoli. Tu też wejdziemy do zrekonstruowanego pokoju malarza, pokoju z siedziby paryskiej „Kultury” w domu Instytutu Literackiego w Maison-Laffitte. Do przedstawienia twórczości, zdjęć i dokumentów zostaną wykorzystane nowoczesne urządzenia i technologie, też takie ułatwiające kontakt z dziełem osobom niewidomym i niesłyszącym.

„Nie chcemy, by było to muzeum wyłącznie biograficzne. Mamy nadzieję, że będzie to miejsce tętniące życiem” – mówi Andrzej Betlej, Dyrektor Muzeum Narodowego w Krakowie.

Na pierwszym piętrze znajdą swe miejsce wystawy czasowe, w przyszłości ma to być przestrzeń przeznaczona sztuce młodej i nowoczesnej, którą Czapski zawsze chętnie oglądał, analizował i opisywał. Teraz, z okazji otwarcia i przez najbliższe miesiące, będzie tu można obejrzeć kilkadziesiąt płócien i szkiców Czapskiego pochodzących ze zbiorów MNK, będących depozytami lub darowiznami, a warto zaznaczyć, że z okazji otwarcia Pawilonu Richard Aeschlimann, wieloletni przyjaciel i szwajcarski marszand Czapskiego, wraz z żoną Barbarą podarowali MNK kilkanaście obrazów ze swej kolekcji. To dla wielbicieli malarstwa Czapskiego będzie niewątpliwie gratka.

Na parterze urządzono czytelnię, podręczną bibliotekę zawierającą księgozbiór związany tematycznie z artystą, ale też kawiarenkę, na dachu zaś jest taras.