„Ten kościół był świadkiem ważnego w dziejach naszej wspólnoty chrześcijańskiej przejścia od czasu w którym wiara była zakazana do czasu wolności” – mówił podczas uroczystości nadania tytułu arcybiskup Nagasaki Mitsuaki Takami. Tym samym nawiązał do czasów krwawych prześladowań, gdy chrześcijanie byli krzyżowani, a z Japonii wygnano wszystkich księży. Wrócili oni właśnie do Oury, gdzie wybudowali pierwszy kościół. Wtedy z podziemi wyszła też grupka ukrytych chrześcijan i zaczęła sprawdzać przybyłego misjonarza, czy jest on tej samej wiary, jaką wyznawali ich przodkowie. Pytali go m.in. czy jest żonaty, czy zna papieża w Rzymie, czy oddaje cześć Matce Bożej. Z czasem okazało się, że mimo najostrzejszej izolacji i prześladowań w Japonii przetrwało w wierze ponad 25 tys. chrześcijan mimo, że przez 250 lat byli bez księdza, bez kościołów i bez sakramentów. Ich heroiczne świadectwo upamiętnia właśnie pierwsza bazylika mniejsza w Japonii.

O tym wyjątkowym świadectwie wiary Japończyków Papież Franciszek mówił w czasie jednej z audiencji środowych. Podkreślił wówczas, że  każdy z nas jest ogniwem łańcucha przekazywania wiary przez Chrzest, a jako  przykład dał doświadczenie Kościoła w Japonii. „Męczeńską śmiercią zginęły tam tysiące wiernych, duchownych wypędzono z kraju. Kiedy dwa wieki później misjonarze powrócili do Japonii, okazało się, że wiara chrześcijańska przetrwała, znów tysiące chrześcijan wyszło z ukrycia – mówił Ojciec Święty. - Przetrwali dzięki łasce Chrztu, która uczyniła ich jednym Ciałem w Chrystusie. Byli izolowani, musieli się ukrywać, ale zawsze byli członkami Kościoła. Niech więź ze wspólnotą Ludu Bożego, która jest tak ważnym owocem przyjętego przez nas Chrztu świętego, i w nas pozostaje zawsze żywa”.