Doczesne szczątki bł. Jana Pawła II spoczywają obecnie w bazylice św. Piotra w Watykanie. Przed beatyfikacją zostały przeniesione z Grot Watykańskich, ale podczas ekshumacji papieskie trumny nie były otwierane. Mimo to, dzięki osobistym sekretarzom papieża-Polaka, zwłaszcza obecnemu metropolicie krakowskiemu kard. Stanisławowi Dziwiszowi, ale także metropolicie lwowskiemu Mieczysławowi Mokrzyckiemu, wiele świątyń w Polsce otrzymało relikwie krwi bł. Jana Pawła II. Pojedyncze kościoły są także w posiadaniu relikwii włosów papieża. Zarówno krew jak i włosy zaliczają się do relikwii I stopnia, czyli takich, które pochodzą z ciała nowego błogosławionego.

Niewątpliwie głównym miejscem w Polsce, gdzie można oddać cześć relikwiom bł. Jana Pawła II jest sanktuarium ku jego czci i znajdująca się w nim Kaplica Relikwii w Krakowie-Łagiewnikach. Przechowywana jest tam kropla krwi bł. Jana Pawła II zamknięta w szklanej szkatule i umieszczona w podstawie marmurowego ołtarza stojącego pośrodku ośmiobocznej kaplicy. W świątyni tej znajduje się także jego mitra oraz pastorał – relikwie II stopnia czyli przedmioty należące do błogosławionego. Pielgrzymi odwiedzający to miejsce w dniu liturgicznego wspomnienia Jana Pawła II mogą uzyskać odpust zupełny.

Do najważniejszych miejsc, gdzie czczone są relikwie bł. Jana Pawła II należą też: Świątynia Opatrzności Bożej w Warszawie, papieskie relikwie znajdują się w tamtejszym Panteonie Wielkich Polaków a relikwiarz został wkomponowany w symboliczny grób Jana Pawła II oraz bazylika pw. Ofiarowania Najświętszej Maryi Panny w rodzinnym mieście papieża – Wadowicach. Tam w specjalnej kaplicy pod jego wezwaniem, w relikwiarzu w kształcie złotej monstrancji znajduje się krew Ojca Świętego pobrana w dniu jego śmierci, 2 kwietnia 2005 roku. Szczególnym miejscem jest też Jasna Góra, gdzie przechowywany jest przestrzelony pas papieskiej sutanny (ze śladami krwi) ofiarowany sanktuarium przez papieża po zamachu 13 maja 1981 r.

Ponadto papieskie relikwie trafiły – na prośbę proboszczów i wiernych – zarówno do najznamienitszych świątyń jak też do kościołów w budowie, ale dedykowanych Janowi Pawłowi II. Można je uczcić w katedrach m.in.: w Poznaniu, Tarnowie, Kielcach, Radomiu czy Łomży, jak też w bazylikach m.in. w Bochni, Dąbrowie Górniczej czy Rzeszowie.

Relikwie otrzymały także nowe parafie dopiero budujące kościoły pod wezwaniem Jana Pawła II m.in. w Kościanie, Luboniu czy podwarszawskim Radzyminie.

Relikwie papieża-Polaka znajdują się także w seminariach duchownych w Łomży i Tarnowie. Ponadto relikwiarze trafiły też do takich miejsc jak np.: kaplica w Centrum Onkologii w Bydgoszczy, kaplica w Ośrodku Edukacyjno-Charytatywny „Emaus” w miejscowości Turno w diecezji radomskiej czy Diecezjalne Centrum Pielgrzymowania im. Jana Pawła II w Starym Sączu

Na górskich szlakach papieskie relikwie można odnaleźć w kaplicy „ludzi gór” na Groniu Jana Pawła II w Beskidzie Małym oraz sanktuarium Matki Bożej Jaworzyńskiej na Wiktorówkach w Tatrach a na Podhalu w sanktuarium maryjnym w Ludźmierzu.

Natomiast w Warszawie w kościele środowisk twórczych pw. św. Brata Alberta i św. Andrzeja Apostoła przechowywane są relikwie bł. Jana Pawła II w formie szkaplerza karmelitańskiego, który nosił przez lata.

Miejscowości, w których znajdują się kościoły z relikwiami bł. Jana Pawła II to w kolejności alfabetycznej: Bilcza k. Kielc, Bochnia, Borki, Brzeszcze, Bydgoszcz, Czaniec, Częstochowa, Dąbrowa Górnicza, Dukla, Gdynia, Iłowica, Jarosław, Jelenia Góra, Kielce, Kościan, Kościerzyna, Kraków, Leśna, Limanowa, Lipnica Murowana, Lublin, Luboń, Ludźmierz, Łomża, Nakło nad Notecią, Nowy Sącz, Okulice, Olesno, Pilno, Piła, Płock, Poznań, Przemyśl, Pułtusk, Racibórz, Radom, Radzymin, Rajbrot, Rzeszów, Słopnice, Stalowa Wola, Starogard Gdański, Stary Sącz, Szczecin, Szczepanów, Tarnów, Trzebnica, Turno, Wadowice, Warszawa, Włocławek, Zabrze, Zakopane.

W niektórych z tych miast papieskie relikwie są przechowywane w kilku świątyniach (m.in. w Wadowicach, Radomiu, Tarnowie, Jarosławiu).