W bazylice odprawione zostanie jednocześnie nabożeństwo z litanią, odczytaniem, próśb i uczczeniem relikwii bł. Jana Pawła II. Wierni odmówią cząstkę różańca, zaśpiewają apel i weźmiemy udział w zasłonięciu cudownego obrazu Matki Bożej Kalwaryjskiej.

Potem rozpocznie się czuwanie modlitewne przy pomniku Jana Pawła II, a o godz. 21.37 wspólnie z uczestnikami Drogi Krzyżowej wszyscy uczczą moment śmierci Jana Pawła II. Wieczór modlitewny zakończy wspólny śpiew „Barki” oraz błogosławieństwo dla uczestników.

Jako papież, Jan Paweł II podczas swego pontyfikatu odwiedził Kalwarię kilkakrotnie. Pierwszy raz 7 czerwca 1979 roku. Drugi raz był tu 14 sierpnia 1991 roku. Jechał wtedy z Krakowa do Wadowic i zatrzymał się na obrzeżach sanktuarium, przy kościele parafialnym pw. Św. Józefa. Tam czekała na niego grupa pielgrzymów, mieszkańców Kalwarii i oo. bernardyni z przełożonym i z kopią Matki Bożej Kalwaryjskiej. Ojciec Święty wygłosił wtedy krótkie przemówienie i pobłogosławił wszystkich. 19 sierpnia 2002 roku papież przybył do Kalwarii z okazji jej 400-lecia.

W 1987 roku Jan Paweł II nie odwiedził kalwaryjskiego sanktuarium, ale wziął udział w jubileuszu 100-lecia koronacji cudownego obrazu Matki Bożej Kalwaryjskiej na krakowskich Błoniach. Obraz ten został do Krakowa przywieziony i tam właśnie Ojciec Święty ofiarował Kalwarii złotą różę papieską, najwyższy wyraz hołdu składany przez papieży najważniejszym sanktuariom świata.

W kaplicy sanktuarium znajdują się też inne dary ofiarowane przez Jana Pawła II. Jest tu krzyż papieski przekazany przez Jana Pawła II podczas jego ostatniej pielgrzymki do Kalwarii w 2002 roku oraz perłowy różaniec przekazany sanktuarium w 1997 roku. Są też świeca papieska, dar z pierwszej pielgrzymki do Polski i Kalwarii w 1979 roku, oraz monstrancja przekazana w styczniu 1979 roku.

W sanktuarium znajdują się również: papieski fotel oraz ornat, w którym odprawił ostatnią w Polsce Mszę św., sutanna oraz piuska.