W wywiadzie udzielonym włoskiemu dziennikowi Il Foglio przyznał on, że Franciszek nie podał przyczyn, dla których nie przedłużył mu kadencji prefekta. Zaprzeczył jednak głosom, jakoby papieską decyzję poprzedziły jakieś zakulisowe konflikty czy zarzuty stawiane niemieckiemu purpuratowi.

Kard. Müller wyjaśnił, że cały czas działał otwarcie, z czystym sumieniem i w posłuszeństwie Ojcu Świętemu, a swoje zdanie dotyczące kościelnej doktryny opierał na ciągłości Tradycji i naukowej ścisłości teologii. Chodzi zwłaszcza o kwestię nierozerwalności małżeństwa i jej konsekwencji dla życia sakramentalnego. Jak zaznaczył, nie miało to nic wspólnego z nieposłuszeństwem wobec Papieża, a dyskusje i spory doktrynalne miały miejsce od samego zarania Kościoła. Problemem staje się to, gdy bycie „za” lub „przeciw” traci jakiekolwiek odniesienie do Jezusa Chrystusa, który przecież musi być absolutnym punktem odniesienia, jeśli Kościół chce zachować swój nadprzyrodzony charakter.

Pytany o liberalne sugestie niemieckich biskupów w sprawie dopuszczenia do komunii osób rozwiedzionych i żyjących w nowych związkach, kard. Müller wskazał na „dramatyczny” kontekst życia religijnego w jego ojczyźnie. Widoczna sekularyzacja czy wręcz dechrystianizacja powodują kryzys wspólnoty Kościoła, a w konsekwencji również pokusę „pójścia z duchem czasu”. Jednak, zdaniem byłego prefekta Kongregacji Nauki Wiary, nie tędy droga. „Nie jesteśmy propagandystami naszych własnych prawd, ale świadkami zbawczej prawdy. Nie chodzi o jakąś ideę wiary, ale o rzeczywistość obecności Chrystusa w świecie” – stwierdził kard. Gerhard Ludwig Müller w wywiadzie dla Il Foglio.