Paweł Miki urodził się w zamożnej rodzinie mieszkającej koło Kioto w roku 1565. W wieku 5 lat otrzymał chrzest. Od 11 roku życia uczył się u jezuitów. Do Towarzystwa Jezusowego wstąpił, gdy miał 22 lata.

W czasach Pawła nie udzielano łatwo święceń kapłańskich osobom pochodzącym z krajów misyjnych. Pracował więc jako katechista. Wędrując przez niemal całą Japonię, głosił rodakom Dobrą Nowinę. Przygotował również na piśmie pouczenie o wierze w języku japońskim. Święcenia kapłańskie miał otrzymać w roku 1597, ale na przeszkodzie stanęło prześladowanie.

Paweł został aresztowany i poddany torturom. W więzieniu spotkał 23 towarzyszy. Po torturach obwożono ich po mieście z wypisanym wyrokiem śmierci. Nawet w tej trudnej sytuacji Paweł głosił zebranym tłumom Chrystusa. Więźniów umieszczono w więzieniu w pobliżu miasta Nagasaki. Dołączyło do nich jeszcze dwóch chrześcijan, których usiłowali pomóc więźniom. Męczeńską śmierć na krzyżu ponieśli 5 lutego 1597 roku.

Ich bohaterską śmierć opisał świadek zdarzenia, portugalski jezuita Ludwik Frois. Paweł Miki z wysokości krzyża powiedział: „Myślę, że skoro doszedłem do tej chwili, nikt z was nie będzie mnie podejrzewał o chęć przemilczenia prawdy. Dlatego oświadczam wam, ze nie ma innej drogi zbawienia poza tą, którą podążają chrześcijanie. Ponieważ ona uczy mnie wybaczać wrogom oraz wszystkim, co mnie skrzywdzili, dlatego z serca przebaczam królowi, a także wszystkim, którzy zadali mi śmierć i proszę ich, aby zechcieli przyjąć chrzest”.

Męczenników beatyfikował papież Urban VIII w roku 1627, zaś kanonizował ich w 1862 roku papież Pius IX.

Na wzgórzu nad Nagasaki stoi kościół i pomnik przypominający o męczennikach. W 1981 roku miejsce to odwiedził Jan Paweł II. Wzgórze to nazwał wtedy wzgórzem zmartwychwstania.