Bonawentura, według legendy, jako maleńkie dziecko został cudownie uzdrowiony przez wstawiennictwo św. Franciszka. Już jako młodzieniec studiował w Paryżu filozofię. Wstąpił do zakonu franciszkańskiego i zaczął studiować także teologię. Został profesorem najpierw szkoły franciszkańskiej a później uniwersytetu w Paryżu.

W związku z tym, iż twórczość św. Bonawentury była przeniknięta ideą miłości, nazywany był przez tradycję scholastyczną Doktorem Serafickim. Było to związane z symbolem miłości, jakim w Średniowieczu był chór anielski zwany Serafinami. Znane jest jego powiedzenie: Non est perfecta cognitio sine dilectione - Nie ma prawdziwego poznania bez umiłowania. Najgłębsze tajemnice (zarówno te Boskie jak i ludzkie) może poznać jedynie ten, kto kocha naprawdę. Wskazuje, iż choć św. Franciszek nie był człowiekiem uczonym, to jednak osiągnął pełne zjednoczenie z Bogiem

Jako generał zakonu franciszkańskiego Bonawentura dokonał wielkiej reorganizacji zakonu, który bardzo rozrósł się od czasu śmierci św. Franciszka, i w którym coraz większą rolę odgrywali kapłani oraz profesorowie teologii. Bonawentura uporządkował na nowo szereg spraw, z tego też powodu nazywany jest drugim założycielem.

Jest autorem dwóch życiorysów św. Franciszka (Legenda maior oraz Legenda minor). W 1263 roku, z jego inicjatywy powstało święto Nawiedzenia Najświętszej Marii Panny.

Zmarł już jako kardynał 15 lipca 1274 roku podczas obrad Soboru w Lyonie, którego był jednym z głównych organizatorów. W 1482 roku papież Sykstus IV ogłosił go świętym. Ponad sto lat później papież Sykstus V zaliczył go w poczet doktorów Kościoła.