Franciszek urodził się – jako Jan Bernardone – w 1182 roku w Asyżu. Jego ojciec był bogatym kupcem. W młodości Franciszek prowadził beztroskie życie, marząc o zostaniu rycerzem. Z tego też względu w 1202 roku wziął udzial w bitwie między mieszkańcami jego rodzinnego miasta i sąsiedniej Perugii. Nie skończyło się to dla niego dobrze, bo trafił do więzienia. Mimo że niewola nie trwała zbyt długo, to nabawił się w niej choroby. Wracając w domu do zdrowia, przeżył wielki przełom duchowy.

Podczas tego procesu nawrócenia doszło do znanych epizodów – spotkania z trędowatym, którego Franciszek ucałował na znak pokoju, a przede wszystkim do wydarzenia, które miało miejsce w kościele św. Damiana, gdzie Chrystus Ukrzyżowany rzekł do niego: "Franciszku, idź i odbuduj mój Kościół, który, jak widzisz, cały jest w ruinie". W reakcji na te słowa Franciszek odrestaurował własnymi rękami tenże kościół i kilka innych zniszczonych świątyń w okolicy. Dopiero jakiś czas później, w 1208 roku, w położonym koło Asyżu kościele Matki Bożej Anielskiej, zwanym Porcjunkulą, uświadomił sobie, że Jezus wzywa go do duchowej odnowy Kościoła.

Franciszek zerwał więc z dotychczasowym życiem i zdecydował się całkowicie poświęcić służbie Bożej. Na wzór Chrystusa i Apostołów zaczął w ubóstwie głosić słowo Boże. Pozbywając się wszystkich dóbr materialnych (rozdał biednym to, co posiadał i część majątku ojca), żył odtąd jak pustelnik, odziany w habit przepasany sznurem. Szerzenie Ewangelii łączył z posługą miłosierdzia wobec chorych, cierpiących i opuszczonych, zwłaszcza trędowatych. Początkowo działał sam, często bywał nierozumiany i wyśmiewany, z czasem jednak zaczęli się do niego przyłączać inni. W opuszczonej szopie założyli klasztor, gdzie prowadzili życie pokutnicze i skąd wyruszali na misje. Nie mieli jednak żadnego mandatu czy upoważnienia do działalności apostolskiej.

Dlatego w 1209 roku Franciszek udał się do Rzymu, gdzie został przyjęty przez Innocentego III, który przychylnie spojrzał na projekt nowej formy życia chrześcijańskiego i ustnie ją zatwierdził. Według jednej z legend papież miał sen, w którym widział walącą się Bazylikę św. Jana na Lateranie, którą miał podtrzymać Franciszek (ewangeliczny radykalizm nowego zgromadzenia faktycznie stał się jednym ze źródeł odnowy Kościoła w XIII wieku). Niedługo potem powstała również żeńska gałąź zakonu franciszkańskiego – klaryski oraz tzw. trzeci zakon dla świeckich, którzy w swej codzienności praktykowali rady ewangeliczne.

Franciszka pociągała szczególnie tajemnica Wcielenia Syna Bożego. W noc Bożego Narodzenia 1223 roku urządził w Greccio pierwszy żłóbek z żywymi zwierzętami. Konsekwencją jego miłości do Chrystusa była miłość do każdego człowieka, ale również do wszystkich stworzeń i całej przyrody.

W połowie września 1224 roku poszcząc i modląc się na górze Alwernii, otrzymał stygmaty, czyli rany Męki Chrystusowej. Był to pierwszy taki przypadek w historii Kościoła.

Franciszek zmarł 3 października 1226 roku w Porcjunkuli. Dwa lata później w Asyżu papież Grzegorz IX ogłosił go świętym. Jest patronem Włoch i ekologów. Pozostawił po sobie kilkanaście różnych pism, w tym słynną Pieśń Słoneczną. Po dziś dzień popularnością cieszą się również Kwiatki św. Franciszka, czyli spisane historie i legendy z życia Biedaczyny z Asyżu.

Św. Franciszek jest wciąż jednym z najpopularniejszych świętych na cały świecie. Do Asyżu cały czas przybywają licznie pielgrzymi.