Jan był synem Zebedeusza i Salome, młodszym bratem Jakuba Starszego (Mt 4, 21). Początkowo Jan był uczniem Jana Chrzciciela, ale potem razem ze św. Andrzejem poszedł za Jezusem (J 1, 35-40). Musiał należeć do najbardziej zaufanych uczniów, skoro św. Jan Chrzciciel tylko z nimi przebywał wtedy nad Jordanem.

Jan pracował jako rybak. O jego zamożności świadczy to, że miał własną łódź i sieci. Niektórzy sądzą, że dostarczał ryby na stół arcykapłana - dzięki temu mógłby wprowadzić Piotra na podwórze arcykapłana po aresztowaniu Jezusa. Ewangelia odnotowuje obecność Jana podczas Przemienienia na Górze Tabor (Mk 9, 2), przy wskrzeszeniu córki Jaira (Mk 5, 37) oraz w czasie konania i aresztowania Jezusa w Ogrodzie Oliwnym (Mk 14, 33).

Chrystus nadał Janowi i Jakubowi, jego bratu, drugie imię – „Synowie gromu” (Łk 9, 51-56). Jan zostaje wyznaczony razem ze św. Piotrem, aby przygotowali Paschę wielkanocną. Podczas Ostatniej Wieczerzy Jan spoczywał na piersi Zbawiciela. Tylko on pozostał do końca wierny Panu Jezusowi - wytrwał pod krzyżem. Dlatego Chrystus z krzyża powierza mu swoją Matkę, a Jej – Jana jako przybranego syna (J 19, 26-27).

Po zmartwychwstaniu Chrystusa Jan przybywa razem ze św. Piotrem do grobu, gdzie „ujrzał i uwierzył” (J 20, 8), że Chrystus żyje. W Dziejach Apostolskich Jan występuje na początku jako nieodłączny towarzysz św. Piotra. Jan przebywał przez wiele lat w Jerozolimie (Ga 2, 9), potem prawdopodobnie w Samarii, a następnie w Efezie. To tam napisał Ewangelię i trzy listy apostolskie. Wynika z nich, że jako starzec kierował niektórymi gminami chrześcijańskimi w Małej Azji. Z Apokalipsy dowiadujemy się, że były to: Efez, Smyrna, Pergamon, Tiatyra, Sardes, Filadelfia i Laodycea.

Tradycja wczesnochrześcijańska okazywała żywe zainteresowanie losami św. Jana Apostoła po zmartwychwstaniu i wniebowstąpieniu Pana Jezusa. Z wszystkich źródeł wynika, że Jan głosił Ewangelię albo w samej Ziemi Świętej, albo w jej pobliżu, a to ze względu na Matkę Bożą, nad którą Chrystus powierzył mu opiekę.

Za czasów cesarza Domicjana został zesłany na wyspę Patmos, ale przed śmiercią wrócił do Efezu. To tam prawdopodobnie napisał swoją Ewangelię. Miał wtedy w ręku Ewangelie synoptyków (Mateusza, Marka i Łukasza), dlatego jako naoczny świadek nauk Pana Jezusa i wydarzeń z Nim związanych nie powtarza tego, co już napisano, uzupełnia wypadki szczegółami bliższymi i faktami przez synoptyków opuszczonymi.

Jan jako jedyny z Apostołów zmarł śmiercią naturalną. Dlatego podczas dzisiejszej liturgii celebrans nosi szaty białe, a nie – jak w przypadku wszystkich pozostałych Apostołów – czerwone.