Jan urodził się 24 czerwca 1390 roku w Kętach (od miejsca urodzenia nazwany Kantym). Zapisał się do Akademii Krakowskiej w 1413 roku. Studiował na Wydziale Teologicznym. W 1419 roku przyjął święcenia kapłańskie. W latach 1420-1429 był rektorem i wychowawcą u Bożogrobców w Miechowie. W 1429 roku powrócił do Krakowa i pozostał na stałe na Uniwersytecie jako profesor filozofii i teologii aż do śmierci, tj. do 24 grudnia 1473 roku.

Mieszkał w Collegium Maius. Trzykrotnie był mianowany dziekanem Wydziału Filozoficznego. Promował 42 bakałarzy i 9 magistrów. Równocześnie studiował teologię i po 14 latach nauki uzyskał stopień magistra teologii. Niebawem rozpoczął wykłady na tym wydziale. Po śmierci swojego profesora, Benedykta Hesse, objął katedrę teologii. Pozostał na tym stanowisku aż do śmierci. W międzyczasie pełnił funkcję proboszcza w parafii św. Andrzeja w Olkuszu, kantora przy kolegiacie św. Floriana i przełożonego Collegium Maius. Powszechnie znana była Jego pracowitość. W ciągu swojego życia przepisał 27 woluminów liczących blisko 30 tys. stron.

Kult Jana z Kęt zaczął się od chwili Jego śmierci. W 1676 roku papież Klemens X zezwolił na publiczny kult Jana Kantego. Kanonizował go papież Klemens XIII w 1767 roku. Jest patronem środowisk naukowych, nauczycieli i młodzieży oraz dzieł miłosierdzia.

Św. Jan z Kęt słynął z wielkiego miłosierdzia. Nie mogąc inaczej zaradzić ludzkiej nędzy, rozdawał swoje odzienie i obuwie. Pod Jego drzwiami żacy często znajdowali przygotowany dla nich posiłek. W każdym potrzebującym widział Chrystusa.

Pewnego razu w profesorskiej jadalni spożywał posiłek, oznajmiono mu, że przyszedł żebrak. „Chrystus przyszedł” – zawołał Mistrz Jan i zaprosił biedaka do stołu, dzieląc z nim swój skromny posiłek. Znana była Jego wielka dbałość o studentów, szczególnie zaś o ich życie duchowe. Jeśli dowiedział się, że ktoś schodzi na złą drogę, często osobiście interweniował, co znalazło swój obraz w średniowiecznym Miraculum o św. Janie, które podaje, że nawet po śmierci, co jakiś czas pojawiała się ręka Mistrza ze świecą i wędrowała po ulicach Krakowa, prowadząc żaka, który zgubił drogę mądrości.

Była to niezwykła postać uczonego, który wiedzę zamieniał w mądrość, a nade wszystko umiłował Prawdę, w której odkrył Chrystusa.

Jego sylwetkę scharakteryzował kardynał Karol Wojtyła w kazaniu wygłoszonym podczas jubileuszu 500-lecia śmierci św. Jana, w 1973 roku: „Człowiek, któremu na imię było Jan, wyszedł z Kęt, małego miasteczka w południowej Polsce. Wyszedł, niosąc w swej duszy skarb Chrztu Świętego; a poprzez ten skarb, skarb wiary. We wierze dane Mu było obcować ze Słowem Bożym od pierwszych dni swojego życia; od lat dziecięcych i młodzieńczych. A było to obcowanie głębokie, pełne myśli, serca i woli. Ono Go przyprowadziło z Kęt do Akademii Krakowskiej; przeprowadziło przez lata studenckie, wprowadziło do katedry: naprzód Wydziału Filozoficznego, potem Wydziału Teologicznego. Ono prowadziło Go przez całe życie, długie, przeszło osiemdziesiąttrzyletnie życie, które zakończyło się pięćset lat temu, dokładnie 24 grudnia”.

Relikwie Jana Kantego spoczywają w barokowym grobowcu - konfesji w kościele św. Anny w Krakowie.