W sanktuarium anglikańskim Ojciec Święty został przyjęty przez arcybiskupa tego wyznania. Wspólnie modlili się w miejscu, gdzie męczennicy byli sądzeni, torturowani i zabici. W znajdującej się tam kaplicy Franciszek odsłonił specjalną tablicę pamiątkową.

Następnie Papież udał się do katolickiego Narodowego Sanktuarium w Namugongo. Położone jest ono w malowniczym parku, a jego architektura nawiązuje do tradycyjnej chaty plemienia Baganda. Pokrycie dachu opiera się na 22 filarach, które symbolizują 22 męczenników katolickich. Ołtarz główny ustawiony jest dokładnie w miejscu, w którym 3 czerwca 1886 r. został spalony żywcem św. Karol Lwanga. Sam Kościół konsekrował Papież Paweł VI w ostatnim dniu swej pielgrzymki do Ugandy w sierpniu 1969 r. Miejsce to jest przez cały rok celem wielu pielgrzymek. Szczególne obchody przypadają 3 czerwca, w liturgiczne wspomnienie św. Karola Lwangi i jego towarzyszy męczeństwa.

Dziedzictwo ugandyjskich męczenników nie jest cennym wspomnieniem do przechowywania w muzeum, ale ożywiającym tchnieniem Ducha Świętego; czyni z nas uczniów-misjonarzy nie tylko wśród naszych rodzin i przyjaciół, ale i tych, którzy są nam nieżyczliwi czy wręcz wrogo do nas nastawieni. Papież Franciszek mówił o tym w wyjątkowym miejscu, jakim dla całej Afryki jest  Namugongo. To właśnie tu ugandyjscy męczennicy zostali zabici za swą wierność Chrystusowi. Uważani są oni za ojców wiary Czarnej Afryki.

Papieska liturgia w tym miejscu była najważniejszym wydarzeniem obecnej pielgrzymki do Ugandy, bo jej główny motyw to właśnie upamiętnienie 50-lecia kanonizacji tutejszych męczenników. Przypominając, że razem zginęli katolicy i anglikanie, Franciszek mówił o „ekumenizmie krwi”. Wskazał, że ich świadectwo krwi dotarło aż po krańce ziemi.

„Mam na myśli świętych Józefa Mkasę i Karola Lwangę, którzy, pouczeni w wierze przez innych, zechcieli przekazać dar, jaki sami otrzymali. Czynili to w niebezpiecznych czasach. Zagrożone było nie tylko ich życie, ale także życie młodszych chłopców powierzonych ich opiece. Ponieważ rozwinęli swą wiarę i wzrosła ich miłość do Boga, nie lękali się nieść Chrystusa innym, nawet za cenę życia. Ich wiara stała się świadectwem. Dziś, kiedy czczeni są jako męczennicy, ich przykład nadal inspiruje wielu ludzi na świecie. Dalej głoszą oni Jezusa Chrystusa i moc Krzyża. Jeżeli tak jak męczennicy będziemy codziennie ożywiali dar Ducha Świętego, który mieszka w naszych sercach, to wówczas z pewnością staniemy się uczniami-misjonarzami, do czego wzywa nas Chrystus. Oczywiście dla naszych rodzin i przyjaciół, ale także dla tych, których nie znamy, a zwłaszcza dla tych, którzy mogliby być niezbyt życzliwi, a nawet nastawieni do nas wrogo”.

Świadectwo męczenników – przypomniał Papież – ukazuje wszystkim, którzy usłyszeli ich historię, że przyjemności światowe i władza doczesna nie dają trwałego pokoju i radości. Raczej wierność Bogu, uczciwość i prawość życia oraz autentyczna troska o dobro innych przynoszą ten pokój. Franciszek podkreślił, że nie umniejsza to troski chrześcijan o świat, tylko wprost przeciwnie, popycha, by iść do potrzebujących, zachęca do współpracy dla dobra wspólnego i budowania społeczeństwa bardziej sprawiedliwego, które promuje godność człowieka nie wykluczając nikogo i które broni życia będącego darem Boga oraz chroni cuda przyrody.

„Drodzy bracia i siostry, to jest dziedzictwo, jakie otrzymaliście od męczenników ugandyjskich: ich życie naznaczone mocą Ducha Świętego, świadczące także dziś o przemieniającej mocy Ewangelii Jezusa Chrystusa. Nie przyswajamy sobie tego dziedzictwa okolicznościowym wspomnieniem lub przechowując je w muzeum, jakby było cennym klejnotem. Raczej wtedy naprawdę składamy mu hołd i oddajemy cześć wszystkim świętym, kiedy wnosimy ich świadectwo dane Chrystusowi do naszych domów i do naszych sąsiadów, do miejsc pracy i w społeczeństwo obywatelskie, zarówno przebywając w naszych domach, jak wówczas, gdy udajemy się do najbardziej oddalonych zakątków świata”.