Dwudziestoletnia Helena Kowalska rozpoczęła swoje życie zakonne w Warszawie. 1 sierpnia 1925 r. wstąpiła do Zgromadzenia Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia w Warszawie przy ul. Żytniej. Dziś w sąsiedztwie tego miejsca znajduje się siedziba Episkopatu Polski.

W klasztorze przy ul. Żytniej rozpoczął się pierwszy etap formacji zakonnej Apostołki Miłosierdzia, czyli postulat, który kontynuowała potem  w Skolimowie i Józefowie - czyli dzisiejszych krakowskich Łagiewnikach. Raz jeszcze powróciła na krótko do domu zakonnego na Żytniej w Warszawie po ukończeniu nowicjatu i złożeniu pierwszej profesji.

Najpóźniej odbudowany warszawski kościół

Kościół Miłosierdzia Bożego i św. Faustyny przy ul. Żytniej, którego konsekracji dokona w niedzielę kard. Kazimierz Nycz, to dawna kaplica Zgromadzenia Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia. Ufundowała ją przed 155 laty matka Teresa Ewa z książąt Sułkowskich hr. Potocka. Podczas walk Powstania Warszawskiego, w sierpniu 1944, kaplica spłonęła. 

Przed pożarem, w czasie okupacji, kaplica znalazła się tuż przy murach getta, dlatego też była miejscem ucieczki i pomocy dla ludności żydowskiej, szczególnie młodzieży. W sierpniu 1944 r., po pożarze kościoła i domu zakonnego, większość sióstr i wychowanek wywieziono do obozu koncentracyjnego.

W okresie powojennym władze komunistyczne przez wiele lat nie pozwalały odbudować kaplicy i zakładu Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia. Pozwolenie udało się uzyskać dopiero 28 marca 1974 r. Do tego czasu kościół Miłosierdzia Bożego i św. Faustyny był jedynym obiektem sakralnym w Warszawie, który nie został odbudowany ze zniszczeń wojennych - jako świadek tragicznych losów Woli i Warszawy.

Odbudowa i upamiętnienie

Prymas Stefan Wyszyński 15 grudnia 1980 r. erygował parafię pw. Miłosierdzia Bożego i przydzielił jej byłą kaplicę sióstr Zgromadzenia Matki Bożej Miłosierdzia jako kościół parafialny. Pierwszym proboszczem parafii został ks. Wojciech Czarnowski, który zorganizował przy kościele ośrodek dla bezdomnych. W okresie stanu wojennego Żytnia stała się miejscem spotkań dla działaczy podziemia oraz wielu wydarzeń artystycznych.

Prace przy odbudowie kościoła - w związku z rosnącą liczbą parafian oraz pielgrzymów odwiedzających świątynię, z którą związana była św. Faustyna - rozpoczął kolejny proboszcz parafii, ks. Tadeusz Polak (1997-2011). W czasie odbudowy, zniknęły ślady po kulach i okopcone po pożarze ściany – świadkowie Powstania Warszawskiego. Jako ślad przeszłości pozostawiono jedynie fragment ściany ceglanej dawnej kaplicy, od strony ul. Żytniej. Przebudowano zakrystię i dom parafialny, dobudowano małą wieżyczkę zegarową. Prace przy rozbudowie kościoła kontynuował obecny proboszcz ks. Krzysztof Stosur.

6 października 2004 r. kamień węgielny pod odbudowę i rozbudowę kościoła Miłosierdzia Bożego i św. Faustyny w Warszawie wmurował Prymas Polski, kard. Józef Glemp. W 2004 r. w fundamenty rozbudowywanego kościoła wmurowano cztery kamienie, związane symbolicznie z dziejami parafii: kamień z Wojuty na Wołyniu - miejsca narodzin bł. abp. Zygmunta Szczęsnego Felińskiego (będąc arcybiskupem Warszawy, w roku 1862 zakupił posiadłość między ul. Żelazną a Wronią, na której zbudowano m.in. klasztor i kościół); kamień z Głogowca - miejsca narodzin św. Faustyny; kamień z Zuzeli - miejsca narodzin kard. Stefana Wyszyńskiego oraz kamień z Archikatedry Warszawskiej. Od 2012 r. osobę fundatorki oraz fakt wstąpienia do klasztoru św. Faustyny upamiętnia tablica, poświęcona przez metropolitę warszawskiego kard. Kazimierza Nycza.

Święto Miłosierdzia

W głównym ołtarzu centralne miejsce zajmuje obraz Jezusa Miłosiernego „Jezu ufam Tobie”,  poświęcony w 1998 r przez Prymasa Polski  kard. Józefa Glempa. Obraz ten, zanim został umieszczony go w ołtarzu głównym  świątyni, przed wielkim jubileuszem roku 2000 nawiedził wszystkie parafie archidiecezji warszawskiej.

Święto Miłosierdzia Kościół obchodzi w I niedzielę po Wielkanocy. Ustanowił je dla całego Kościoła papież Jan Paweł II w dniu kanonizacji s. Faustyny Kowalskiej 30 kwietnia 2000 r. Obecnie jest nazywane też Niedzielą Miłosierdzia. 

W swoim „Dzienniczku” św. Faustyna zapisała „Podczas modlitwy usłyszałam te słowa: „Pragnę, ażeby pierwsza niedziela po Wielkanocy była świętem Miłosierdzia”. „Pragnę, aby święto Miłosierdzia, było ucieczką i schronieniem dla wszystkich dusz, a szczególnie dla biednych grzeszników. W dniu tym otwarte są wnętrzności miłosierdzia Mego, wylewam całe morze łask na dusze, które się zbliżą do źródła miłosierdzia Mojego. Która dusza przystąpi do spowiedzi i Komunii świętej, dostąpi zupełnego odpuszczenia win i kar. W dniu tym otwarte są wszystkie upusty Boże, przez które płyną łaski” – czytamy na kartach jej „Dzienniczka”