Mszy św., która rozpoczęła się o godz. 10 w Bazylice św. Piotra przewodniczył kard. Grocholewski. Wzięło w niej udział ponad 2,5 tys. wiernych. W gronie koncelebransów byli przewodniczący Papieskiej Rady ds. Świeckich, kard. Stanisław Ryłko, abp Szczepan Wesoły oraz greckokatolicki biskup Dionisius Pavlo Lachovicz. Ponadto Mszę św. sprawowało około 110 kapłanów.

W kazaniu kardynał nawiązał do encykliki „Redemptoris Mater” i podkreślił głęboką pobożność Maryjną Jana Pawła II, który pełen zachwytu wobec wiary Maryi, zaznaczył, że nie tylko w zwiastowaniu należy podziwiać tę wiarę Maryi, ale że całe Jej życie było „pielgrzymką wiary” oraz że, dzięki tej wierze, Maryja „stała się rzeczywiście obecna w tajemnicy Chrystusa”.

Nawiązując do dzisiejszego święta św. Józefa Rzemieślnika kardynał zaznaczył, że wraz z Maryją jest on pierwszym powiernikiem tajemnicy Wcielenia. „Wraz z Maryją - a także ze względu na Maryję - uczestniczy on w tym szczytowym etapie samoobjawiania się Boga w Chrystusie, uczestniczy od samego początku”. Kaznodzieja przypomniał słowa Benedykt XVI z homilii podczas beatyfikacji papieża Polaka: „Błogosławiony jesteś umiłowany Papieżu Janie Pawle II, ponieważ uwierzyłeś”. „Błogosławiony jesteś, ponieważ uwierzyłeś”! „Tak, wiara była podstawowym źródłem zawierzenia tego wielkiego Papieża Bogu, jego zachwytu wobec Tajemnic Bożych oraz woli i dynamizmu, by tymi tajemnicami uzdrawiać i ubogacać współczesny świat” – podkreślił  kard. Grocholewski.

Przypomniał żywiołowe wołanie Jana Pawła II do współczesnego świata: „Otwórzcie drzwi Chrystusowi” i zarazem wszelkie jego działania wypływały i były owocem tej żarliwej, głębokiej wiary, która przepajała jego myśli i serce.

Nawiązując po raz kolejny do homilii Benedykta XVI wygłoszonej podczas Mszy św. Beatyfikacyjnej przypomniał jego słowa modlitwy, szczególnie aktualne wobec obecnego kryzysu wiary: „Błogosławiony jesteś umiłowany Papieżu Janie Pawle II, ponieważ uwierzyłeś. Prosimy, byś nadal umacniał z nieba wiarę Ludu Bożego”.
„Tak, wiara może w nas wzrastać lub słabnąć. Każdy z nas jest odpowiedzialny za swoją wiarę, za jej wzrost lub osłabienie. Wiara jest delikatną roślinką. By była żywą i dojrzewała, trzeba ją starannie pielęgnować: modlitwą, uczestnictwem w sakramentach świętych, pogłębieniem prawd wiary, postępowaniem według wymogów wiary na codzień, dzieleniem się nią z innymi. Jednym słowem, by wiara mogła wzrastać, trzeba żyć wiarą” – mówił kaznodzieja.

Na zakończenie kard. Grocholewski zaapelował: „Tak, `daj nam, Panie, natchnienie do wiary! Panie, przymnóż nam wiary!`Byśmy w naszym życiu przynosili owoce, jakich oczekuje od nas Kochający Bóg; byśmy przynosili owoce, jak to czynił błogosławiony Jan Paweł II; spraw także, byśmy nie zapomnieli, że kształtowanie wiary też od nas zależy. A Ty, błogosławiony Janie Pawle II – którego w 1978 roku Bóg powołał po to, byś, ze Stolicy Piotrowej, umacniał braci we wierze – czyń to nadal, teraz już z Domu Ojca!”

Liturgię uświetniały chóry, w tym chór kościoła polskiego pw. św. Stanisława Biskupa i Męczennika w Rzymie oraz Komendy Wojewódzkiej Policji w Białymstoku, a także zespół z Żywca.

Po zakończeniu Mszy św. celebransi i wierni udali się do ołtarza bł. Jana Pawła II na krótką modlitwę.