Metropolita krakowski arcybiskup Marek Jędraszewski w auli Collegium Novum Uniwersytetu Jagiellońskiego otworzył główną sesję naukową. Nawiązał do sytuacji, która miała miejsce 15  lat temu. Ojciec Święty przyjął wtedy w Watykanie delegację NSZZ „Solidarność”. Podczas przemówienia zwrócił uwagę na kilka ważnych kwestii.

Papież mówił o trzech rodzajach wolności: narodowej, zewnętrznej i wewnętrznej – wolności ducha,  a także podkreślił znaczenie swojej pierwszej pielgrzymki do Ojczyzny i jej owoc – powstanie „Solidarności”. W kontekście tych wydarzeń Jan Paweł II mówił: „Polecam idący w parze z tym wydarzeniem proces, który zmierza do ukształtowania życia narodowego w sposób zgodny z prawami suwerennego społeczeństwa. Proszę Cię, Pani Jasnogórska, aby na drodze tego procesu wszyscy wykazywali w dalszym ciągu potrzebne męstwo, mądrość i rozwagę, służąc wspólnemu dobru”. Arcybiskup wyraził przekonanie, że papieskie słowa są nadal aktualne i spełniają się podczas XIII już edycji Dni Jana Pawła II. Na zakończenie podziękował organizatorom za podjęty przez nich trud i życzył, aby przyniósł on obfite owoce.

Organizatorami Dni Jana Pawła II są krakowskie uczelnie oraz wyższe szkoły z Małopolski, a także Centrum Jana Pawła II „Nie lękajcie się!”, Instytut Dialogu Międzykulturowego im. Jana Pawła II w Krakowie, Fundacja Jana Pawła II – Ośrodek Dokumentacji i Studium Pontyfikatu w Rzymie i Międzynarodowe Towarzystwo Naukowe „Fides et Ratio”.