W 1991 roku Jan Paweł II, w ramach pielgrzymki apostolskiej na Węgry, spotkał się w Budapeszcie, w siedzibie Węgierskiej Akademii Nauk, z przedstawicielami świata nauki i kultury.

W 1996 roku papież wystosował telegram kondolencyjny do przeora wspólnoty z Taize Br. Rogera Schulza po śmierci ks. Maxa Thuriana, szwajcarskiego teologa ekumenicznego, współbudowniczego i członka wspólnoty z Taize.

W 2002 roku Jan Paweł II konsekrował Bazylikę Bożego Miłosierdzia w krakowskich Łagiewnikach.