O potrzebie zwołania tego synodu papież-Polak wspomniał po raz pierwszy w liście apostolskim „Tertio millennio adveniente” podkreślając, że na kontynencie azjatyckim w szczególny sposób uwydatnia się problem spotkania chrześcijaństwa z prastarymi kulturami i religiami lokalnymi.

Uroczysta inauguracja zgromadzenia odbyła się w Bazylice Watykańskiej. W homilii Ojciec Święty podkreślił, że synod pragnie wsłuchać się w to, co Duch Święty mówi do Kościołów, aby wiedzieć, jak głosić dziś Chrystusa w kontekście hinduizmu, buddyzmu, szintoizmu i wszystkich innych nurtów myślenia i stylów życia, które były zakorzenione w Azji dużo wcześniej, zanim dotarło tam orędzie Ewangelii. Jan Paweł II wspomniał też o nieobecności wśród ojców synodalnych biskupów z Chin kontynentalnych, którym tamtejsze władzy odmówiły pozwolenia na wyjazd do Rzymu.

14 maja 1998 roku, na zakończenie Specjalnego Zgromadzenia Biskupów poświęconego Azji, Jan Paweł II przewodniczył w Bazylice św. Piotra Mszy Świętej koncelebrowanej z uczestnikami obrad. W homilii zachęcił wszystkich do dalszej wytrwałości.

Przebieg synodu papież-Polak określił jako „nowy rozdział dziejów Kościoła na kontynencie azjatyckim”.