Papież-Polak odwiedził kraj, w którym Kościół katolicki od 1950 roku był z wielką zawziętością prześladowany przez władze komunistyczne. Przed wizytą Ojca Świętego ujawniły się zgromadzenia zakonne, które przez ponad czterdzieści lat działały w ukryciu. 9 marca 1990 roku utworzono Konferencję Episkopatu Czechosłowacji, a zaledwie dwa dni przed przyjazdem Jana Pawła II zostały przywrócone stosunki dyplomatyczne pomiędzy Stolicą Apostolską a Czechosłowacją.

Ojciec Święty nawiązywał w swych przemówieniach do problemów odradzającego się Kościoła. – W ciągu ostatnich czterdziestu pięciu lat wierzący byli uważani niejako za obywateli drugiej kategorii. Dzisiaj uświadamiam sobie wyraźnie, że już tak nie jest i nigdy już tak nie będzie – mówił w Bratysławie na zakończenie wizyty.

Podczas tej pielgrzymki Jan Paweł II spotkał się też z prezydentem Czechosłowacji, Václavem Havlem, który kilka miesięcy wcześniej był więziony jako wróg państwa.