Patriarcha utrzymywał bardzo dobre i ożywione relacje z Janem Pawłem II, jak i jego dwoma następcami: Benedyktem XVI i Franciszkiem. Od objęcia tronu bierze stały udział w odbywających się regularnie posiedzeniach mieszanej komisji teologicznej Cerkwi prawosławnych i Kościoła katolickiego. Bartłomiej trzykrotnie odwiedził Watykan: w czerwcu 1995, czerwcu 2004 oraz listopadzie 2004 roku. Podczas dwóch pierwszych wizyt, obydwaj pasterze podpisali wspólne deklaracje ekumeniczne na temat postępów w teologicznym dialogu katolicko-prawosławnym. W czerwcu 2002 roku sygnowali również wspólną deklarację O obowiązku szanowania świata stworzonego poświęconą problemowi ochrony środowiska naturalnego i chrześcijańskiej wizji ekologii. Przy okazji ostatniego spotkania patriarchów Rzymu i Konstantynopola pod koniec 2004 roku, Jan Paweł II przekazał Patriarchatowi w Konstantynopolu relikwie świętych Jana Chryzostoma i Grzegorza z Nazjanzu

W czasie pierwszego spotkania Jan Paweł II wyraził pragnienie świętowania w większej bliskości z prawosławnymi Wielkiego Jubileuszu Roku 2000, aby wyznać światu wspólną wiarę oraz ukazać dążenie do jedności. Ogłoszono wówczas wspólną deklarację podsumowującą dotychczasowe dokonania na drodze dialogu ekumenicznego. Wymownym był fakt zamieszkania przez honorowego zwierzchnika prawosławia w średniowiecznej wieży św. Jana oraz wejście na główny balkon Bazyliki św. Piotra, gdzie odmówił po łacinie modlitwę Anioł Pański, a następnie pobłogosławił zebrany tłum.

• W 2001 roku podczas mszy św. we Lwowie Jan Paweł II beatyfikował dwudziestu ośmiu grekokatolików.

We Lwowie podczas mszy św. w obrządku łacińskim Jan Paweł II beatyfikował abpa Józefa Bilczewskiego i ks. Zygmunta Gorazdowskiego. Natomiast w czasie mszy św. w obrządku bizantyńskim beatyfikowani zostali biskupi: Mikołaj (Mykołaj) Czarnecki (1884-1959), Grzegorz (Hryhorij) Chomyszyn (1867-1947), Jozafat (Josafat) Kocyłowski (1876-1947), Symeon Łukacz (1893-1964), Bazyli (Wasyl) Wieliczkowski (1903-1973), Jan (Iwan) Sleziuk (1896-1973), Nikita (Mykyta) Budka (1877-1949), Grzegorz (Hryhorij) Łakota (1883-1950), Teodor Romża (1911-1947); księża: Mikołaj (Mykoła) Konrad (1876-1941), Andrzej (Andrij) Iszczak (1887-1941), Roman Łysko (1914-1949), Mikołaj (Mykoła) Cegielski (1896-1951), Piotr (Petro) Werhun (1890-1957), Aleksy (Ołeksij) Zarycki (1912-1963), Emilian (Emilijan) Kowacz (1884-1944); zakonnicy: Leonid (Leoncjusz) Fiodorow (1879-1935), Klemens (Kłymentij) Szeptycki (1869-1951), Seweryn (Sewerijan) Baranyk (1889-1941), Joachim (Jakym) Seńkowski (1896-1941), Zenobiusz (Zynowij) Kowałyk (1903-1941), Witalis (Witalij) Bajrak (1907-1946), Jan (Iwan) Ziatyk (1899-1952); siostry zakonne: Tarsycja-Olga (Tarsykija-Olha) Maćkiw (1919-1944), Olimpia-Olga (Olimpija-Olha) Bida (1903-1952), Laurencja-Leokadia (Ławrentija-Łeokadija) Harasymow (1911-1952), Jozafata (Josafata) Hordaszewska (1869-1919); osoba świecka: Włodzimierz (Włodymyr) I. Pryjma (1906-1941). Prawie wszyscy nowi błogosławieni zginęli w wyniku prześladowań religijnych w latach 30. oraz po zakończeniu II wojny światowej.