Jan Paweł II był pierwszym papieżem, który odwiedzil Grecję. Z prawosławnym Arcybiskupem Aten i całej Grecji, Christodoulosem podpisali Wspólną Deklarację, w której wezwali do zgody i pokoju wśród „wszystkich, którzy na każdym miejscu wzywają imienia Pana naszego Jezusa Chrystusa”. Doniosłym momentem była pielgrzymka na Areopag, skaliste wzgórze niedaleko Akropolu, gdzie św. Paweł Apostoł wygłosił słynną mowę, zapisaną w 17. rozdziale Dziejów Apostolskich. Jan Paweł II i Christodoulos wspólnie oddali cześć ikonie św. Pawła.

Od 5 do 8 maja Ojciec Święty przebywał w Syrii. Najważniejszym wydarzeniem tej pielgrzymki była pierwsza w historii wizyta następcy św. Piotra w meczecie. W Damaszku Jan Paweł II udał się do Wielkiego Meczetu Omajjadów, gdzie znajdują się relikwie św. Jana Chrzciciela, w islamie uważanego za jednego z proroków. Innym znaczącym momentem było przybycie papieża do Kunejtry, miasta niedaleko Wzgórz Golan, które w 1974 roku zostało zniszczone przez izraelskie wojska. W zrujnowanej prawosławnej cerkwi Jan Paweł II odmówił modlitwę o pokój.

Z Syrii Ojciec Święty udał się na Maltę, gdzie nawiedził miejsca naznaczone obecnością Apostoła Narodów i beatyfikował trzech Maltańczyków: Jerzego Preca, Marię Adeodaty Pisani oraz Ignacego Falzona.

Na zakończenie tej pielgrzymki Jan Paweł II powiedział: „Ta wizyta kończy moją jubileuszową pielgrzymkę poprzez historię zbawienia, od ziemi Abrahama na Synaju, gdzie Bóg dał nam Dekalog, po Ziemię Świętą, gdzie dokonały się wielkie wydarzenia związane z naszym nawróceniem”.

Z kolei cztery lata wcześniej, 4 maja 1997 roku, Jan Paweł II na Placu św. Piotra przewodniczył beatyfikacji pięciu osób. W tym gronie był pierwszy cygański męczennik, Ceferino Giménez Malla, który zginął podczas hiszpańskiej wojny domowej w 1936 roku.