W 1988 roku odbyło się spotkanie Jana Pawła II i abpa Lefebvre’a. Papież zaproponował arcybiskupowi utworzenie w obrębie Kościoła miejsca dla pojednanego ruchu tradycjonalistycznego pod warunkiem uznania przez niego II Soboru Watykańskiego.

Niestety, dwa miesiące później, 30 czerwca 1988 roku w szwajcarskiej miejscowości Econe, abp Lefebvre wyświęcił bez zgody papieża czterech biskupów. Ekskomunikę hierarchy ogłoszono publicznie w podpisanym przez Jana Pawła II motu proprio Ecclesia Dei adflicta 2 lipca 1988 roku.

Francuski hierarcha wielokrotnie wypowiadał się krytycznie o działalności i poglądach papieża, zarzucając mu uleganie wpływom modernizmu, liberalizmu i indyferentyzmu religijnego, podmywających tradycyjne nauczanie Kościoła katolickiego obowiązujące do czasów Soboru Watykańskiego II. Niedługo po wyborze na tron papieski, 19 listopada 1978 roku Jan Paweł II przyjął abpa Lefebvre`a na audiencji prywatnej w Watykanie. Według relacji samego arcybiskupa nie przyniosła ona konkretnych rezultatów. Podczas spotkania, francuski arcybiskup miał prosić papieża o zezwolenie na kontynuowanie działalności Bractwa.